曹操殺孔融，有三個原因：一是猜忌。二是剷除異己。三是洩憤。

曹操是要稱帝的，但遲遲未能把此事提上日程怕是有諸多顧慮，其中就有對孔融這類人的顧慮，他們喜歡聚眾喝酒討論時政，喝完酒散了也就罷了，但這些人偏偏又是一個個會到朝廷做官的，他們的喜好會影響到政策的制定和實施。而任何當權者，只要不是那麼草包，都想手底下是一幫聽話的人，有能力去做好自己交代的事情，而不是有能力來反對自己的人。

曹操的猜忌之心過於沉重，所以總是以誅心之論先下手為強剷除被懷疑的物件。對於孔融的猜忌，曹操倒也不是毫無根據，而是有太多跡象表明，孔融很可能不是一個忠於自己的人。曹操的猜忌根據有三點。

孔融出仕做官，做的漢朝的官。漢獻帝不過是遇到了太強的對手曹操，不然，也不是如此悲催的皇帝，畢竟天下人才濟濟都願為朝廷所用。孔融懟過董卓，被董卓記恨，弄到黃巾軍最猖獗的北海為相，後來被黃巾軍圍困，孔融當時向還是無名之輩的劉備求救，劉備感念居然有人知道他，出兵為孔融解圍。

而劉備的野心，在很早就被曹操所知，打著匡扶漢室旗幟的劉備後來成了曹操強勁的敵手，而劉備曾經解過孔融的圍，劉備還上表舉薦孔融做青州刺史——曹操猜忌孔融的根據也算是充足，此其一。

袁紹和曹操勢力強大之後，此二人篡奪漢室江山的心都昭然若揭，孔融的手下勸孔融要交結袁紹或者曹操，孔融怒而殺之，由此可見孔融十分痛恨“漢賊”。後來孔融被袁譚打敗，逃亡山東，漢獻帝遷都許昌之後徵召孔融入朝做官，漢獻帝似乎非常在乎孔融的意見，一般孔融的意見都會採納，在刑罰和禮儀上的事情都遵照孔融的建議。而孔融常常以漢臣自居，對曹操傲慢無禮——此其二。

孔融是名滿天下的孔子後人，喜歡結交名士和年輕的知識分子，他們有喜歡聚眾喝酒，針砭時弊，議論時局，孔融跟楊修和禰衡都是好朋友，而這幾個人，又都是恃才傲物又放縱不羈的人，對曹操都多有無禮之處——此其三。

曹操不但猜忌孔融，也怕孔融日後對曹魏政權有所阻礙，不如及早除去。孔融這個人很剛直，敢懟董卓，也敢懟曹操。曹操稱帝不過早晚，即使他不稱帝，他的繼承人鐵定會稱帝，但以孔融為首的讀書人，總以正統自居，總以漢室為正宗，說白了就是不識時務，對於這樣的人，曹操只能殺之。

比如曹操想禁酒，孔融就寫信說不要禁酒，公然反對。文人喝酒放浪形骸的作風是曹操不喜歡的，可孔融圈子裡的都是這樣的人，圈子不同，不能強融，矛盾重重。曹操要遠征，孔融也諷刺曹操不如一併把偷蘇武牛羊的人也討伐好了……此類種種言論，孔融都毫不忌憚地在曹操面前說了出來，可見孔融不屑於與曹操為伍，曹操可以預見到這個孔融今天反對他這個明天反對他那個，煩，曹操又不是漢獻帝，曹操是專權的，自負的，他不需要別人對他的政策指手畫腳，更不想給自己留一個異見者。這是殺孔融的第二個原因。

殺孔融的第三個原因更隱秘一點，但是也更足以殺掉孔融並株連全家。孔融打心眼裡就看不起曹操，對曹操傲慢不說，還逮著機會就對曹操進行譏諷。比如打下袁氏之後，曹氏三父子似乎都對大美人甄氏有那麼點意思，曹操下令把宅子圍了任何人不得出入，但是曹丕闖進去私自就把甄氏佔為己有，曹操順水推舟才讓甄氏做了自己的兒媳。而孔融就說：“武王伐紂，把妲己賞賜給周公。”曹操不明白，翻遍史書也沒有這回事，反問孔融啥意思啊，孔融說用現在發生的事情掂量一下，想當然爾。曹操這才知道孔融是看透了他們父子爭美女，曹操假意賜婚曹丕的隱私，曹操自覺孔融讓他顏面盡失，內心忌恨孔融也是情理之中。

殺害孔融的計謀提上日程，還拜山陽人郗慮做了幫兇，這也是一個被孔融得罪的人。郗慮覺察到曹操對孔融的忌恨猜忌心理，於是在曹操的授權下，羅列罪名把孔融一家誅殺。我們來看殺孔融的罪名：招合徒眾（孔融門下確實聚合了很多人）欲圖不軌（誰知道你們在商量什麼，說你不軌就是不軌）毀謗朝廷（誰叫你多嘴多舌）不遵超儀（大體就是不尊重曹操的意思）

孔融反對曹操已經到了公然激怒曹操的地步，曹操殺之，大概也有點兒殺雞儆猴的意思吧。

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