中國醫學的起源很早，有關醫藥創造的傳說也很多，其中尤以伏羲制九針、神農嘗百草、黃帝創醫藥流傳最為廣泛。從出土的殷墟甲骨文字記載來看，大約在公元前13世紀的商代中葉，我國就有關於腹內寄生蟲病和蛀齒等一些病症的認識。但在原始社會，由於醫藥水平還很低下，許多疾病不能醫治，許多病因無法解釋，最初形態的醫藥知識在很長時期內是和原始宗教形態——巫術結合在一起，以巫醫的面目出現。

在原始社會，人的生存環境極為險惡，從某種意義上說，疾病是古代先民最大的禍害和敵人，而疾病產生的原因又是早期人類最為困惑的事情之一。對生存和死亡的憂患，使得古代先民想方設法透過各種手段去控制和影響那些讓他們蒙受疾患痛苦的“超自然力量”，驅邪除鬼，拔除致病蠱毒，治癒疾患。這樣，巫術和醫學自然而然地結合在一起，形成醫巫混雜不分的現象。

中文“醫”字的古文為“毉”，從“巫”。在我國的古代文獻中，有關巫醫的記載相當多。《山海經》一書前後記載有十六巫，“開明東，有巫彭、巫陽、巫度、巫凡、巫相、夾窫窳之屍，皆操不死之藥以距之。窫窳者，蛇身人面，貳負臣所殺也……有靈山，巫咸、巫即、巫盼、巫彭、巫姑、巫真、巫禮、巫抵、巫謝、巫羅十巫，從此升降，百藥爰在。”這裡的巫彭、巫咸都是著名的巫醫。

巫術醫學受巫術思想的影響，其治病手段除了用醫藥外，還會運用祈禱、祭祀、詛咒等法術，祈求先祖的庇佑、鬼神的寬恕，或將蠱毒驅除體外。我國巫術醫學有一整套的巫術治病法術，後世稱之為“祝由術”或“咒禁術”。漢代道教創立之後，古代巫術中的許多法術為道教所汲取，巫術治病之術也為道徒所倚重，成為道教龐雜的道術體系中的一個重要組成部分。當然，由巫醫向道醫演進過程中還有一箇中間過渡階段，即方士醫學階段。