牛頓在1689年當選為下院議員後，便走進了輝格黨人的激進圈子。在為與傑弗里斯最後攤牌準備的檔案中，牛頓指出代表之所以採取那種立場是為了捍衛他們自己的宗教；天主教徒和新教徒不可能在同一所大學“幸福地或長期地”共存；而新教教育的根基“一旦枯竭，從那裡流出的一直在澆灌全國的涓涓溪流也必將衰竭”。1687年，牛頓終止了他作為盧卡斯講座教授的活躍生涯。在1684年，也就是他在這個職位上給學生授課接近十年的時候，為了履行自己的職務職責，他向劍橋大學圖書館提交了一份代數學講義手稿。威廉·惠斯頓1707年出版了這份手稿，名為《通用算術》。牛頓在這部作品中讚揚了古代數學家對幾何學的依賴，但對現代分析者將方程與算術術語引進幾何學卻大加申斥。

1688年末，詹姆士二世逃離了英格蘭，奧蘭治家族的威廉來到英國。這給牛頓提供了向新政權表示忠心的機會。1689年1月，牛頓被選為代表劍橋大學參加議會的兩名議員之一。雖然選票上曾用無以復加的讚詞介紹了牛頓，但最後的當選還是多少讓牛頓有些吃驚。2月上旬，牛頓和大多數議員一起投票，確認詹姆士的撤離意味著他已“放棄了”王位。在後來的幾週中，牛頓供職於一個委員會，該委員會負責草擬了一份關於寬容各種不奉國教者的議案。自然，牛頓支援國家容忍各種稍有差異的新教教義，認為國家應該不分教派和允許任何合格的新教徒擔任公職。5月17日，這一針對宗教寬容的議案被國會透過，成為法律，是為《宗教寬容法》。根據該法，不奉國教者可以自由地進行公開崇拜活動。

不過，規定任公職者須領聖餐麵包與葡萄酒的《宣誓法案》並未廢除，天主教徒與反三位一體教義者並沒有信仰自由。1689年夏，牛頓又遇到了一個挫折：儘管有新國王威廉三世的強力支援，他還是未能獲得國王學院院長一職。不過，牛頓並不缺乏崇拜者和追隨者。好幾個人都爭著要當他那部偉大著作《原理》下一版的編輯，其他人則致力於理解該書深奧得讓人難以置信的內容。牛頓反過來也會稍稍施惠於他的追隨者，例如他幫助戴維·格雷戈裡獲得了牛津大學薩維列恩幾何學講座教授的職位。在歐洲大陸，惠更斯和萊布尼茨等著名自然哲學家對《原理》也是讚不絕口，雖然他們二人都認為牛頓忽略了自然哲學的整個目的，因為他沒能給“引力”提出一個物理解釋。

在《原理》第二卷中敲響了渦旋說的喪鐘之後，牛頓便致力於解釋重力問題。17世紀90年代上半期，牛頓從事了《原理》的修改和訂正工作，曾給法蒂奧·德·杜伊連爾和戴維·格雷戈裡看過他的許多修改和訂正內容，其中有一些涉及重力的物理成因。他給第三卷的命題4—9寫了一系列“古典”註釋，指出《原理》提出的萬有引力與其他原則都曾為古人所知，今人透過認真研讀維吉爾、奧維德等詩人的詩作便可以獲得這些知識。在這些修改稿中，牛頓聲稱萬有引力藉助“某種主動原理”運作，這種主動原理能讓力從一個物體傳送到另一個物體：因此，那些正確領悟了神秘哲學的古人教導說，有一種無限之靈遍佈一切空間，包容整個世界，給世界賦予生機。

根據亞里士多德引用的那位詩人的話，這種靈就是他們的守護神：我們在他裡面生活，獲得我們的存在。古人透過潘和他的笛子的象徵，提到了這一神靈作用於物質的方式：“不是透過不規則的方式，而是和諧地或者按照和聲的比率進行。”很久以後，凱瑟琳·孔杜伊特提到，牛頓認為重力取決於質量，就像聲音與音調取決於弦的尺寸一樣。牛頓恢復失傳的古代知識的努力絕不僅僅限於這一方面。大約在同一時間，牛頓投身於一項旨在“恢復”古人失傳了的幾何學的數學大業。1691年末，他還開始撰寫了一篇名為《曲線求積術》的論文。在這篇了不起的論文中，他回顧了自己發現微積分和發展無窮級數的過程。他在文中大量援用他在17世紀70年代中期寫給萊布尼茨的信函，由此可見他此文的主要目的是為了表明自己的發明要早於並優於萊布尼茨的發明。

1694年格雷戈裡讀過此文後說牛頓發明了求積理論，且這一發明“讓人震驚，令人難以置信”。《原理》完成後的幾年中，牛頓進行了他一生中最為緊張的一部分智力活動。17世紀80年代晚期，牛頓計劃撰寫一部四卷本的光學著作，並打算在最後一卷中展示視覺效果如何根據短程引力和斥力發生作用。在一份草稿中，他再次提出了他給《原理》寫的但扣下未發的那份前言和結論中的評論，大意是哲學家應該假定各種類似的力不僅在宏觀世界運作，而且也在微觀世界運作。牛頓接著寫道，鑑於這一“大自然的原則與哲學家持有的觀念相距甚遠，所以我並沒有在［《原理》中］進行描述，［以免］有人將其斥為荒誕不經之想”。儘管牛頓最初有著這樣的打算，他在1694年卻將計劃中的書稿壓縮為三卷，而十年後《光學》就是以三卷本的形式最終出版的。

1690年夏天和秋天，牛頓興奮而熱烈地研究了一個爭論激烈的問題：天主教徒和三位一體教義者當初是如何歪曲《新約》的真正經文的？1687年，監管出版的許可法令有所鬆懈，於是出現了好幾本反三位一體教義的著作。1689年，天主教徒理查德·西蒙出版了一本著作，分析了一段支援三位一體教義的關鍵經文《約翰一書》第五章第七和第八節，即所謂的使徒約翰的逗號。當時，與牛頓相識不久的約翰·洛克詢問牛頓對那段經文的看法。1689年11月，洛克收到了牛頓的一篇長文，其中不僅解釋了上述那段經文，而且還論述了另一段三位一體教義所倚重的經文《提摩太前書》第三章第十六節。雖然牛頓試圖用客觀研究的厚厚帷幕來掩蓋自己的實質工作，但他毫無疑問知道洛克是贊同自己的觀點的。

西蒙說那段經文，雖然在最古老的希臘文抄本中找不著，但是，天主教的傳統能夠確保其真實性。牛頓告訴洛克，這是天主教對經文的又一歪曲，許多人文學者和新教徒對此心知肚明，但還是寧願儲存這段經文，因為它可是用來反對異端的一個關鍵證據。牛頓虛偽地聲稱，他準備寫的東西“不涉信仰，無關交規，只是關於《聖經》文字的一篇評論而已”。簡而言之，牛頓認為教父哲羅姆將那段偽經插入了他翻譯的拉丁文《聖經》，後來拉丁人曾在他們《聖經》的頁邊空白處指出了哲羅姆所作的變更。從那以後，尤其是在經院哲學家復興辯駁之風的12世紀以及其後的世紀中，那段偽經最終還是在抄寫過程中悄悄爬進了經文。