摘要：幕府重建征討軍，多方反對下傾力一戰，卻遇薩摩藩背後“小動作”

第一次征討長州的主要目的在於懲罰敢於進攻天皇御所的長州藩，這得到了全日本的同意。雖然負擔軍役造成大名怨聲載道，但這次是由天皇下令征討，德川將軍組織的戰鬥。由於長州在此之前敗於西洋諸國的聯軍，已經無力阻擋征討軍，因此直接投降了事。

不過為了減輕大名的負擔，在長州宣佈投降並對長州施加懲罰後，征討軍就地解散。但這使得幕府顏面大傷，因為幕府的命令是要求各藩兵保持在陣狀態。但征討軍就地解散，迫使幕府為了恢復威望而不得不進行第二次征討長州。

1865年5月16日，將軍德川家茂從江戶出發，前往京都。對於長州藩主父子進行了幽禁處分，並削封10萬石，但長州拒絕接受這個處分。長州內部的“鷹派”人士藉此機會重新奪得對於長州的控制權，並將原本的恭順轉變為徹底抵抗。

對此，幕府決定第二次征討長州，不過以薩摩為首的參加過第一次征討的諸藩並不願意再度征討長州。面對這種情況，幕府決定尋求朝廷的支援。不過，第一次征討長州的時候朝廷全權委託與幕府。而這次，朝廷卻命令幕府與諸大名協商後再做決定。

就在這個時間點，薩摩的大久保利通展開勸說朝廷不下達征討長州的活動。越前的松平春嶽對於這次征討也表示反對，他在呈給朝廷的意見書表達了反對再徵長州的態度，春嶽擔心再度征討長州將會喪失天下人心，獲利的只有希望日本分裂的英法諸國。

幾乎所有的有影響力者都反對再征討長州，但一心想要恢復威望的幕府執意獲得朝廷許可。而在1866年，在坂本龍馬、中岡慎太朗的斡旋下，薩摩的西鄉隆盛、小松帶刀與長州的木戶孝允訂立盟約，約定了薩摩支援長州並保護京都，牽制幕府。

長州藩自禁門之變後便被剝奪官位，禁止入京，在江戶的房屋也被搗毀，喪失了所有權利。薩摩藩透過這種非正式的形勢，約定了協助長州恢復權利，並幫助長州透過薩摩購入西洋最新式的槍械，訂立盟約的時候，就已經做好迎擊幕府軍的準備。

幕府不顧大部分人的反對，決意執行再徵長州。身居京都的一橋慶喜等幕府相關人員可以切身體會到京都及西日本大名們的動向，對於再徵長州的困難形勢有充分的瞭解。不過，身居江戶的幕僚及東日本大名卻不瞭解形勢，這造成幕府執意再徵長州。

東日本與西日本的這種資訊差持續很久。在王政復古後，西日本大名轉而支援朝廷。而東日本的大名卻大多參加了奧羽越列藩同盟，試圖守護對德川家、舊幕府的忠誠，而這也正是資訊差造成的主要誘因。

而幕府就在大部分大名反對的情況下，以普代藩為主力，32個藩組成的征討軍就零散地踏上征討長州的戰鬥。這次大規模的軍事調動甚至比第一次征討時人數還要多，幕府調動地又都是普代藩，可以說是傾力一戰。司令部被設立在廣島，老中小笠原長行趕赴小倉擔任九州諸藩指揮之任。

儘管人數佔據優勢，但幕府並沒有獲得任何優勢，陸地戰鬥征討軍被擊退。海上戰鬥，幕府軍艦卻因為畏懼長州的攻擊甚至都沒出現在戰場上。而長州的奇兵隊屢建奇攻，加上長州藩的山縣狂介（有朋）、高杉晉作大顯身手，征討軍中的小倉、熊本藩兵被迫後退。

而將軍家茂在大阪突然病逝，小笠原長行得知訊息後竟然秘密逃出小倉城，逃往長崎。次日，發現被拋棄的小倉藩兵放火燒城後，撤退到後方。而一橋慶喜承諾繼承德川宗家，但拒絕就任徵夷大將軍。為悼念病逝的家茂，慶喜宣佈自己親自擔任征討長州的指揮，並從朝廷獲得了持諭及節刀，做好出徵準備。

不過，隨著小倉城的陷落，新任將軍德川慶喜立即中止出征。隨即，朝廷下令征討軍停戰。並在次月與長州藩代表簽署停戰協議，征討軍解散。自此，第二次征討長州幕府慘敗，不但損失人員、物資及裝備，就連將軍都換了一個。幕府的無力已經充分展示在全日本面前。