訓練家們總是使用神奇寶貝進行戰鬥，這似乎並不會帶來什麼威脅，受到嚴重傷害的話只要到喬伊小姐那裡治療就行了。然而實際上神奇寶貝也是會死亡的，動畫中只是有意避開了這部分內容，在三狗（雷公、炎帝、水君）的傳說中就有三隻神奇寶貝被大火燒死，只是被鳳王復活了而已。就讓我們看看，在動畫中死亡的五隻神奇寶貝。

1。倫琴貓

在劇場版《就決定是你了！》中，配角宗次的回憶裡出現了一隻倫琴貓，小時候的宗次貪玩，外出滑雪時不慎跌落。他的倫琴貓為了守護它，在雪地中用身體給他取暖，當宗次被趕來的大人發現時，倫琴貓已經受凍去世。或許為了保護主人而去世，對於倫琴貓來說也是一件好事。

2。布魯

劇場版《我們的故事 》中，一個名叫翡翠的老婆婆非常討厭有精靈跟隨自己，但她其實並不討厭神奇寶貝，她是發電廠管理員，年輕時城市發生了一場大火，為了保護髮電廠的鑰匙，她的布魯衝進火海，雖然最後成功的保護了鑰匙，但是布魯自己卻葬身火海。此後翡翠再也不敢接觸神奇寶貝，因為她害怕再次失去，這隻布魯（鬼系）在電影中再次出場給了翡翠面對現實的勇氣。

3。路卡利歐

在劇場版《夢幻與波導的勇者 路卡利歐》中，小智從封印的權杖中喚醒了路卡利歐，這隻路卡利歐是一千年前的勇者亞朗的神奇寶貝（學徒），當年戰爭爆發了，亞朗為了保護路卡利歐而將它封印，自己則前往世界初始之樹中，將自己的生命和波導給了夢幻，讓夢幻阻止了這場戰爭，千年後，路卡利歐為了救夢幻，也和亞朗做出了同一個決定，將自己的波導給了夢幻，在生命的最後一刻，它說道：“我不會死的，我只是回到亞朗大人身邊而已”。或許這對它來說，是最好的結局。

4。拉帝歐斯

在劇場版《水都的守護神 拉帝亞斯和拉帝歐斯》中，小偷偷走了守護水之都的寶物——心之水滴，並且綁走了拉帝歐斯，最後拉帝歐斯雖然被趕來的小智等人救了出來卻已經奄奄一息。然而更加不幸的是因為心之水滴被汙染，海嘯襲向水之都。為了守護水之都，拉帝歐斯和拉帝亞斯兩隻神奇寶貝衝向海嘯，最後海嘯被平息，拉帝亞斯昏迷過去。拉帝歐斯則力竭而亡。電影的最後出現了成群拉帝亞斯和拉帝歐斯，大概他們會派遣新的守護者繼續去守護水之都。

5。長毛狗

這隻長毛狗原本是和火斑喵一起生活的，是火斑喵的家長，然而這隻長毛狗年事已高，小智發現它時已經奄奄一息，小智將它送到喬伊小姐那裡後得知這隻長毛狗即將去世，長毛狗和火斑喵卻趁小智和喬伊小姐不注意偷偷離開神奇寶貝中心，回到自己的家，第二天火斑喵醒來後長毛狗已經失蹤。或許它還在某個地方獨自生活著也說不定。

神奇寶貝系列一直避免死亡的話題，以往都是劇產版中才會體現神奇寶貝的死亡（第一部劇場版裡，在超夢的回憶中，作為實驗體的御三家和小女孩也死亡了，研究所裡的研究員大概也被超夢殺死，不過這部分後來被刪除），知道第五部劇場版才真正有神奇寶貝的死亡，而主系列動畫則是到了阿羅拉地區才隱晦的提及了一點。

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