1402年，朱棣率軍攻破南京城，朱允炆不願投降，點起一把大火後下落不明。朱棣派人翻遍了整座南京城，只發現一具疑似朱允炆的屍體，為了徹底摧毀反對派的鬥志，他撲在已被燒焦面目全黑的屍首上放聲痛哭，隨即登基為帝。

後人在覆盤靖難之役的時候，會認為朱棣採納姚廣孝的建議，孤軍南下直撲京城是取勝冠軍，也就是擒賊先擒王的道理，朱允炆被扳倒之後，大部分明軍都會放下武器。

也有人認為，李景隆和朱橞主動開城投降，是朱允炆失敗的關鍵原因。畢竟以南京城堅固的防守，再加上剩餘明軍的拼死抵抗，完全可以將朱棣牢牢牽制住，等待各地兵馬勤王。

但這兩個投降分子早就被嚇破膽，沒有任何抵抗便放燕軍入城，將朱允炆推向絕路。

還有人認為，朱允炆不會用人，分辨不清誰有才能，誰只是諂媚小人，導致戰爭開打之後，他一直在不斷葬送局面。朱允炆最信任的齊泰和黃子澄，並不具備挽救危局的能力，他們在最危急的時刻，首先考慮的依舊是個人利益。

至於大忠臣方孝孺，雖然對建文帝朱允炆毫無二心，但他只是個文官，寫文章和抨擊朱棣做得很好，但指望他運籌帷幄扭轉戰局，實在有些異想天開。

幾百年來，人們普遍認為以上這些原因，導致了朱允炆的失敗，助朱棣篡位成功。但實際上，朱棣能夠造反成功的根本原因，是朱允炆的一道口諭。

1399年，朱棣起兵叛亂的訊息傳到京城，面對滿朝文武要求消滅亂臣賊子的請求，朱允炆明確表示：“不要傷害我叔！”

朱允炆這樣做的目的，是不想承擔殺害叔父的罵名，在非常重視孝道和長幼尊卑的封建社會，即便是為了平叛，他也不想把事情做得太絕。

朱允炆卻沒想到，正是因為這道口諭，使得前線將士畏首畏尾，不敢真正對朱棣下死手，結果葬送大明江山。朱棣率軍在河北、山東地區作戰的時候，多次遇到緊急情況，甚至有過親自帶頭衝鋒在前的場景。

儘管如此，朱棣卻能征戰2年多毫髮無損，他漸漸意識到，對方顧忌他的皇叔身份，再加上朱允炆有令在先，明軍將士都不敢拿他怎麼樣。從那之後，朱棣更加肆無忌憚，否則他也不會聽從姚廣孝的建議直取南京。

對於朱允炆的這道口諭，後人認為他和朱標一樣，仁柔有餘果斷不足，是善良和仁慈的體現。但也有人認為，朱允炆只是在做樣子，他自幼接受儒家教育，別的沒有學會，死要面子活受罪那一套虛偽做作的東西，倒是全盤接受。

相比之下，朱棣要比朱允炆老道得多，相信他聽說好侄兒的口諭之後，就會在心中暗自高興：“皇位穩了！”

除此之外，埋下這場叛亂隱患的人是朱元璋，我們不能否認他從平民百姓成為一方諸侯，再到開創明朝的傳奇人生，也很佩服他在打擊貪腐和整頓吏治方面的強硬和堅決。

但朱元璋歸根結底是個封建皇帝，他的頭腦中依然有很濃烈的家天下思想，不願信任外姓人。正因如此，朱元璋幻想著把兒孫分封到各地為王，共同拱衛大明王朝。結果就是，地方藩王做大做強，不願聽從朝廷號令，叛亂是遲早的事情。