洪武朝的倭寇問題在明朝建立伊始即與之伴生存在，倭寇問題與禁倭要求也一直是洪武朝明·日的重點。但倭寇問題並不是明·日交涉史的核心，朱元璋最初對日遣使核心目的是要日本稱臣，禁倭要求僅處於次要地位。但如若如此，為何至洪武后期，倭寇問題卻在不斷被強調？

在洪武中後期，隨著倭寇問題的加劇，禁倭要求與稱臣要求相比，是否發生過地位的轉換？因倭寇問題尖銳化，朱元璋也曾以詔書責問日本，洪武九年的日本來使，除奉表、貢馬及方物外，還有針對因先前倭寇頻繁侵擾、朱元璋詔書斥責的“謝罪”。

朱元璋關於倭寇問題的斥責詔書，很可能是在洪武八年日本遣使時發予日本，由此可見，因倭寇問題的尖銳化，禁倭要求地位似乎也開始上升，從以往可暫緩、擱置的狀況變成需要專門移文責之的地步。朱元璋在詔書中首先以元朝徵日不成乃天意罰蒙古。

其後透過強調己身最後起兵且最為弱小，反而不足五年推翻了群雄皆想推翻而無法推翻的元朝，來證明是天欲朱元璋主中國，朱元璋才是真正的上天意志的代表，以此反駁日本詔書中“微不有天命”的含義。最後，令日本所應進行的即是“脩仁政，以格天心”，按照天的意志恭順行事。而朱元璋作為前文證明的上天意志的代表，自然也就是日本應臣服的物件。

如若不然，即會如蒙古一樣，為天所滅。在“日本謝罪”後，原本尖銳化的倭寇問題隨之被緩解，雙方交涉核心被繼續轉向稱臣問題進行。不過，其中仍有一未解決問題，即洪武八年間以詔書專門就倭寇問題斥責日本，並引發洪武九年的“日本國王謝罪”，這一事件是否表明在洪武八年間，因倭寇問題尖銳化，倭寇問題一度曾超過稱臣要求？

洪武十三年十二月與洪武十四年七月的兩封對日詔書，是明朝最後的對日詔書。與之前所有詔書相比，之前詔書都是朱元璋親自作成，而最後兩封詔書是禮部尚書，按照朱元璋及群臣之意代為集合而作。最明顯的體現即是之前所有詔書主語都是“朕”，而此兩封詔書的主語是“本部”或“吾奉至尊之命”。

故而此兩封詔書雖必然要有朱元璋之意在其中，但相比之前由朱元璋親自所作詔書，此兩封詔書也一定會多出不少當時明朝朝臣的對日態度。由此就可以發現，臣與不臣的問題似乎更多的是朱元璋所強調的，朝臣更多強調的則是倭寇問題。朱元璋雖也有禁倭要求，但第一位的要求正如朱元璋之前親自作詔書中體現的，是北朝的稱臣與南朝的恭順入貢。

與朱元璋不同，群臣大抵是因為考慮到明朝顏面問題，當面對朱元璋令禮部尚書代為作詔書責問日本時，更主張能夠在倭寇問題上予以斥責，強調禁倭要求。由此，朱元璋與當時的朝野很可能因出發點不同，而要求的主次亦不同。這也就在一定程度上解釋了，為何在倭寇問題尖銳時的洪武九年，朱元璋僅因日本簡單的“謝罪”便滿足，而沒有要求日本任何禁倭承諾。

即洪武九年對所謂“日本國王謝罪”的強調，極可能是為安撫當時因倭寇問題尖銳化，而強烈要求禁倭的朝野大臣，並非是朱元璋對日交涉，所要求的核心問題發生了改變。如若如此，洪武八年時的對日斥責詔書就很有可能，是朱元璋因朝野壓力及倭寇的頻繁侵擾而被迫採取的舉措，並非是禁倭要求一度超過稱臣要求。

在以上朱元璋針對倭寇所施行的全部海防舉措中，其主要是造船與令沿海衛捕倭，即便是針對倭寇所採取的最嚴厲舉措——定期巡倭，也是因廖永忠上奏被動執行。這些舉措雖離不開朱元璋的主動參與，但更大的可能則是其在面對倭寇侵擾，所帶來的朝野壓力時不得不被動或主動採取的一些行動。大抵是因為其自身與朝野壓力的兩方面因素，朱元璋方有以上政策的施行。

根據以上所述，朱元璋對日交往核心一直是稱臣問題，雖在洪武五年至八年間，因倭寇問題尖銳化，禁倭要求地位一度被提升，朱元璋本人也確實施行了一些御倭舉措並對日責難。但這些在更大的可能上似乎是基於朝臣壓力而被迫施行。朱元璋本人的不滿應該有之，但其更多的則似乎是在，不斷緩解倭寇問題造成的緊張關係，努力促成日本稱臣入貢。

這也就在一定程度上解釋了為何在洪武朝、乃至洪武朝以後的明代文書中，談及洪武朝明·日關係時很少提及稱臣問題，而更加強調倭寇問題。但朱元璋所作詔書中卻在禁倭要求之餘，往往用更大的篇幅、內容，以及各種邏輯順序隱晦的強調稱臣問題而非倭寇問題。至若在大體決定與日本斷交以後，朱元璋本人的稱臣要求便幾乎不復存在。

那麼朱元璋剩餘的便是原本居於次位，乃至可以為稱臣要求讓位的禁倭要求。此時朱元璋與朝臣的要求基本合一，於是才有了洪武朝中後期對倭寇問題的多番強調與諸多海防舉措，也導致了現有研究中對洪武朝倭寇問題的一些誤解。