當監測目標是為了評估在景觀尺度上不同的森林型別、生境或營林模式下的平均生產力，不管目標菌類是否在所選樣方內出現，最好的生物統計抽樣方法是隨機抽樣，或者以隨機起點進行系統抽樣。如果在特定生境內菌類零星生長，這對統計來說是個難題，這樣造成一些樣方中很少甚至沒有目標菌類。抽到“零樣方”的情況既浪費精力和費用，還造成資料分析的困惑。對於不存偏見的景觀尺度生產力評估而言，對“零樣方”沒有簡單的解決方案，因為生產力低或者為零的區域也是客觀存在的。針對這種情況，可調整性的抽樣方法也許是最適宜的。比較不同營林模式對菌類生產力的影響，可在生產力已知的區域內進行，但樣方設定無須知道菌類成群生長的具體地點。

蘑菇一般在特定季節和地點出菇。出菇時間可能短至幾個星期或者長至幾個月，但肯定的是出菇發生在一年中溼度和溫度都適於子實體生長的時間段內。一朵菌通常在一定時間裡生長、成熟和腐爛，時間長短視不同種類和天氣情況而定。不同蘑菇個體可以在出菇季節內的不同時間生長。通常在持續一個月或更長時間的出菇季節裡，可能出現幾次菇潮。菇潮指許多子實體同時生長的現象，通常受到降雨或溫度的影響。為了評估蘑菇的年產量，必須對出菇季節裡所有的蘑菇進行取樣。如果出菇季節較長，出菇時間較為分散的話，就必須反覆回到採集點進行取樣。這就需要考慮以下幾點：首先，如果監測地點較遠，有必要了解常規的出菇季節和注意觀察天氣情況，以安排合適的時間進行野外抽樣。

也可安排附近固定進行採集的當地人，請他們通知研究人員什麼時候蘑菇開始生長。第二，重複取樣的間隔期應該短於目標菌類的平均出菇週期，這樣不會遺漏任何標本或菇潮。第三，如果測量生物量，需要一個最小尺寸標準，只有當蘑菇達到既定尺寸，才能對其進行採集和測量。這個標準視監測目標而定，最好能與當地採收規格的標準相吻合，要能反映當地採集的平均尺寸或最大尺寸。最後，已在現場計數或測量過的蘑菇必須做上標記，避免在下次取樣時發生重複計數。標記時可以在同個方向或基準方位上插牙籤，但注意這樣做可能會被動物破壞。另外還可以用墨水來做記號。

在抽樣的時候直接採摘蘑菇就可稱量其鮮重和乾重。如果要稱乾重，採摘後就應該立即進行烘乾，以防腐爛，最好當晚就完成。商場裡出售的家用食物烘乾機方便實用，可持續提供暖風。如果使用有溫度控制的烘箱，最好把溫度設在35～45℃之間。另一種方法是透過測量子實體尺寸來估算蘑菇重量。最易測量的指標是菌蓋直徑。菌柄長度通常要求測量者匍匐在地，同時由於菌柄的一大部分埋於土中，需要將其挖出才能測量。如果菌蓋近圓形，比如牛肝菌，取一次測量值就好。如果菌蓋呈不規則狀，比如雞油菌，最好取最大直徑和最小直徑的平均值。

對於一些菌類，如羊肚菌，頂端為頭部而不是菌蓋，測量高度和頭部均寬就能算出體積。無論以何種方式測量子實體，在所有樣方里至少需要採集20個大小不同的個體，進行測量和稱重，並建立迴歸方程，用於估計樣方里其他未抽樣蘑菇的重量。這樣的估算不如實際稱重精確，但如果抽樣方法得當，保證抽取不同樣地或區域裡具有代表性的個體，資料估算就足夠可靠。

關於生產力，最容易測量的指標就是蘑菇的數量。計數並給數過的蘑菇做上標記是種比較快捷的方法，一天內可在很多樣方或更大的範圍內完成調查。表7。1列出的4組資料包括對子實體重量和數量的調查。結果表明各種測量方法間沒有太大的統計差別。在多數情況下，目標是要知道一個地區以重量為指標的生產力，由此可以衡量其商業價值。在這類例子中，子實體計數依然有效，將子實體數量乘以通常採集個體大小的平均重量即可獲得總重量。如果採用這個方法進行衡量的話，應該在計算的時候把水分含量也考慮進去，因為鮮重受降水和溼度的影響很大。