明朝在滅亡北元后，蒙古騎兵集體性的回退到大草原，並很快的恢復了勇猛善戰的個性，許多人嘲諷明朝沒有乘勝追擊，徹底滅亡蒙古，比如閻崇年在百家講壇裡也曾嘲笑過這一問題，並宣稱什麼“從明清兩朝對於蒙古關係的處理上，可以看到清朝勝於明朝的地方。”這是一種極端無知的論調，首先一點，明朝初期的蒙古勢力要遠比清朝初期強大的多，元朝雖滅，但是那時一種遊牧民族集體性的撤退而並非是覆滅，當時的元帝國在北方草原依然是統一的，元順帝依然以大元皇帝的名義向四大汗國發號施令，而當時的明朝正面臨一個戶口減半，民生凋敝的爛攤子，在這樣的背景下，任何一個君王都會首先採取防禦的政策，即先鞏固住收復的河山，防止北元勢力的捲土重來，集中時間來恢復生產，發展經濟。朱元璋的這一做法還是正確的。

與此同時，朱元璋也採取了一系列的進攻措施，頻繁的向漠北進攻，雙方互有勝負，明朝在初期量力而行所進行的一系列軍事打擊，不但沒有拖延恢復經濟的步伐，反而是為北方地區爭取到了一個相對和平的環境，而北元帝國則在這個過程裡漸漸走向衰落，藍玉的捕魚兒海大捷可以說是徹底宣告了北元政權的覆滅，我們不應該忽視藍玉的這場戰役，從某種意義上說，這是明朝對蒙古戰爭的一個轉折過程，如果說在此以前，明朝面對的是一個統一的北元政權的話，那麼從此以後，九邊重鎮的對手就變成了鬆散的部落首領。從軍事意義上說，明朝在北部的軍事威脅，可以說是大大減輕了 。

從1368年明朝的建立到捕魚兒海大捷，這可以看做是明蒙關係的第一階段，在這個階段裡，明朝對於蒙古的政策是非常成功的，朱元璋並沒有因為頻繁的北伐而虛耗國力，明朝的經濟也得到了恢復和發展，另外一點就是明朝的衛所制度，正頻繁的蠶食著蒙古的土地，我們可以注意一下洪武末年的明朝地圖，明朝的北部邊境已經大體推進到今天內蒙古一帶，萬里長城可以說已經成了第二道防線，這種層層蠶食的方法對於鞏固邊防的作用無疑是巨大的，農業民族要想戰勝遊牧民族，僅僅依靠騎兵是不夠的，農業民族的優勢在於生產能力和相持能力，但是這需要國家的統一和政治的穩定做保證。任何一個生產力先進的農業民族，如果不是內政出現問題，遊牧民族是根本沒有機會勝利的，宋朝和明朝的滅亡恰恰是從反面說明了這一點。

從永樂即位開始，明朝的北部防禦又發生了重要的變化，遷都北京從軍事角度上說，是有利於明朝以北京為中心，進一步向北方擴張並鞏固邊防的。但是永樂皇帝犯下了一個致命的錯誤，就是將朵顏三衛贈送給了蒙古人，這一錯誤的結果不亞於北宋失去了幽雲十六州，明朝在北部邊地的一系列衛所都不是孤立的，而是連成一體的防禦，各個衛所之間遙相呼應，並逐步向北推進，經過了洪武時代的苦心經營，明朝衛所正形成了以點帶面的局面，但是朵顏三衛的失去卻打破了這一戰略體系，朵顏三衛失去後，明朝的各個衛所之間失去了有效的連線，連蒙古部落軍隊都抵擋不了，北元時代，面對統一的北元政權，明朝可以層層推進，蠶食蒙古草原，而北元分裂後，明朝面對已經分裂的蒙古部落，卻漸漸將防線退至長城一線，最終造成了天子守邊的結果。

永樂皇帝也同樣想著一勞永逸的解決蒙古問題，他的手段就是北征，而北征也是後人抨擊明朝的一個話題，單單從結果上看，北征並沒有對於蒙古部落造成致命打擊，在永樂後的時代，蒙古依然頻繁騷擾著北部地區，甚至在北征結束20多年後，依然在土木堡捉走了明朝的皇帝。事實上，永樂皇帝的前兩次北征，甚至第三次北征，在軍事效果上還是斬獲頗豐的，這一階段的最大成果就是蒙古的各個部落普遍的接受了明朝的冊封，而蒙古草原也始終沒有再出現一個如成吉思汗的人物將蒙古統一起來，之後的也先也好，俺答也好，雖然也曾頻繁的發動對明朝的侵擾，但是其威脅力和作戰規模和鼎盛時期的蒙古也不可同日而語，明朝從永樂開始，對於蒙古草原一直實行著權力制衡的戰略，這一戰略從結果上說還是成功的。

但是從另一個意義上說，北征也是失敗的，從明朝的投入和最後的結果上看，北征是賠本的買賣，最後的兩次北征，明朝都是在糧草消耗盡的情況下撤離的，但是並沒有真正消滅蒙古的有生力量，這其中的原因，一方面是因為蒙古採取了游擊戰，基本不與明軍正面交鋒，另一方面則是明朝自身經濟的原因，北征讓明朝揹負了巨大的經濟負擔，甚至引發了農民起義，這就不單單是一個軍事問題了，永樂皇帝確實是一個了不起的軍事家，但是他並不是一個合格的建設者。對遊牧民族的戰爭，其實打的是經濟戰，明朝反覆的北追，又反覆的北撤，於其佔領的土地並沒有建立有效的統治，更很少設立屯墾衛所，這樣的結果只能是虛耗國力。但是難道是明成祖看不到這點嗎？我想並不是這樣，從某種意義上說，他是力不從心。

打仗需要錢，設衛鑄城，屯墾守邊，哪一樣都是需要花費大量的物資，朱元璋時代，明朝的衛所是在經濟允許的範圍內逐步推進的，雖然也頻繁的進行北伐，但是並沒有象永樂一樣，到了歲歲征討的地步，永樂的最後兩次北征發生了永樂二十年和永樂二十一年，這樣頻繁的戰爭速度，是任何一個強大的國家都無法承受的。當時的明朝已經沒有充足的資金去進行設衛屯墾的工作了，在那個時代，甚至永樂皇帝還做出過用庫存的檀香木當俸祿發給大臣的事情。富庶的明王朝何以到此地步呢？我想原因還是要從經濟上找，永樂時代與洪武時代大不相同，洪武時代，天下初定，民少而田多，因此朱元璋制定了鼓勵墾荒的政策，首先發展農業，而明朝初期也形成了一套從官到民的節儉風氣。而在永樂時代，封建經濟發展的必然結果——土地兼併問題已經冒頭，甚至也出現了中等規模的農民起義。另一方面，明朝實行嚴格的海禁政策，唐宋兩朝的重要經濟來源——貿易收入，那是不屬於明朝的，這就使明朝的經濟打了一個折扣，在永樂時代，還進行了舉世聞名的下西洋運動，這種所謂的朝供貿易是一種拿錢買臉面的不等價交換，如此種種，明朝不窮才怪。

永樂後的明朝統治階層則犯了因噎廢食的毛病，對蒙古不再進行大規模的軍事行動，防禦陣線則退到長城一帶，關外的衛所盡數廢弛，另一方面，明朝與蒙古的互市貿易以及對蒙古部落王的冊封也起到了瓦解其內部的作用，從永樂以後，朱元璋時代的許多政策被漸漸的廢除，使蒙古形成了瓦刺和韃靼輪番坐大的局面，頻繁的騷擾明朝邊境，但是這種關係，我們已經不能看做國與國的關係，無論是也先也好，俺答也好，他們的目的並不是要進犯中原，而是要用軍事手段，要求明朝對他們的冊封，比如在英宗被俘後，也先致書明朝，所提的條件無外是冊封其一個王爵並多開互市而已。甚至到了天啟時代，明朝已經腐敗不堪之時，蒙古大部分部落首領還是奉明朝為正朔，並出兵助明朝，比如袁崇煥的遼東軍，其士兵裡就有許多蒙古人。明朝和蒙古的關係，從事實上說不是國與國的關係，甚至也不能看做是一個政權與另一個政權的關係，用中央政丅府和地方諸侯的關係來界定，也許是更恰當一些。