我國已順利完成了由排汙費向環保稅的平穩過渡和轉移，對企業節能減排、改善生態環境起到了一定的促進作用，環保稅逐步成為治理環境問題的有效經濟手段。但在環保稅徵管過程中，仍存在一些問題和困難，需要進一步解決和完善。

1.自動監測裝置安裝覆蓋率低

透過自動監測裝置獲得汙染物排放量的資料相對精準，但由於自動監測裝置購買安裝費用較高，目前各地只在重點汙染源中推進自動監測裝置安裝、聯網、運維監管的“三個全覆蓋”工作。而在推動重點排汙單位安裝自動監測裝置的過程中，有些地方存在地方保護主義，不按照要求篩選確認重點排汙單位，想方設法幫助企業規避監管，造成某些符合篩選條件的單位實際未納入重點排汙單位名錄，而部分長期停產、廢水零排放等不符合篩選條件的單位卻被納入了重點排汙單位。由此，進一步降低了自動監測裝置的有效安裝範圍。

2.對自動監測裝置的執行維護和資料監管不足

自動監測裝置運維頻次不足、裝置校準校驗合格率低以及故障未及時維修等狀況弱化了自動監測裝置的效能。“假合法、真超排”時有發生。部分重點排汙單位為片面追求利益最大化，透過與自動監控裝置運維單位合謀篡改或偽造自動監測資料，導致超標排放違法行為時有發生

3.委託監測資料的客觀性、公正性存疑

受企業資金及汙染物自動監測技術的限制，大部分中小企業選擇監測機構出具的監測資料進行申報。第三方監測機構由企業聘請，費用由企業支付，這樣在缺乏對第三方監測機構監督的情況下，資料的客觀性難以確保。一方面，企業可能在減少生產量或排放量較少的期間請監測機構監測，並以此作為申報資料；另一方面，第三方監測機構也是追求利益最大化的“經濟人”，在開展業務時考慮更多的可能是經濟利益，而不是監測資料的質量。因此，第三方監測機構鮮有嚴格按照國家要求進行合規的汙染物監測和科學的資料管理，導致企業申報的應稅汙染物當量數很難達到可測量、可報告、可核查的資料要求。

4.資訊共享機制仍待提高

實際工作中，由於部門之間的資料資訊系統存在介面不統一等問題，科學有效的資料共享平臺尚需進一步完善，各部門之間資訊共享的力度和深度還不夠，很多基礎資訊稅務部門無法自動獲取。為了做好徵管工作，獲取有效涉稅資訊，基層稅務機關經常需要人工完善動態稅源管理，及時堵塞由於資訊共享機制執行差異導致的徵管漏洞。在資訊化時代背景下，這樣的工作模式既給納稅人加重了負擔，也增加了稅務機關的徵管成本和執法風險。