清朝作為一個由外族入侵中原建立的王朝，從一開始就面臨著制度混亂的問題，從皇太極時期的“與三大貝勒，俱南面坐”，到順治時期的攝政王專政，直到康熙時期的輔政大臣擅權，清朝才真正的實現了皇權的一統。

萬曆四十四年，努爾哈赤在赫圖阿拉稱“覆育列國英明汗”，國號“大金”（史稱後金），成為後金大汗，年號天命。

天命十一年，努爾哈赤因病去逝。代善與其子嶽託及薩哈廉，擁皇太極嗣汗位。皇太極“辭再三，久之乃許”，被擁舉為大汗。農曆九月一日，皇太極在大政殿即汗位，焚香告天，宣佈次年為天聰元年。

皇太極繼位之初，後金內部貴族分權勢力的矛盾，衝突日益嚴重。他雖繼承了汗位，但實際上是同代善、阿敏、莽古爾泰三大貝勒“按月分值”政務。權力分散，事事掣肘，徒有“一汗虛名”。為了加強中央集權，推進封建化的改革，皇太極採取各個擊破的手段，打擊、削弱分權勢力，提高汗權。

天聰四年，皇太極以阿敏棄守灤州、永平（今河北盧龍）、遷安、遵化四城的罪名，將其終身幽禁。五年，莽古爾泰同皇太極發生口角時，竟拔刀相向。皇太極藉機以“御前露刃”之罪，革去莽古爾泰大貝勒銜。至此，四大貝勒，僅剩他和代善兩人。六年，皇太極終於廢除了與三大貝勒俱南面坐、共理政務的舊制，改成自己南面獨坐，取得了汗的獨尊地位。

崇德八年八月庚午，皇太極逝世，皇太極在生前並沒有指定皇位繼承人。福臨的異母長兄豪格和叔叔多爾袞爭位，多方利益權衡之下，最終多爾袞扶立福臨繼位。八月二十六日（1643年10月8日）承襲父位，時年六歲，由叔父睿親王多爾袞及鄭親王濟爾哈朗輔政，實際清廷由多爾袞控制。

多爾袞“凡一切政事及批票本章不奉上命，概稱詔旨，擅作威福，任意黜陟”，“竟以朝廷自居”。“其所用儀仗、音樂及衛從之人，俱僭擬至尊。蓋造府第亦與宮闕無異”，“朝賀之事與皇帝一體”，實際上造成了“關內關外鹹知有睿王一人”的局面。

順治七年在關外出獵的攝政王多爾袞意外逝世。順治帝開始親政。

玄燁是順治帝福臨的第三子，順治十八年，順治帝接受湯若望的建議，因玄燁出過天花具有免疫力而把他選為繼承人，以遺詔的形式冊立玄燁為皇太子。順治十八年正月玄燁即位時只有6歲（虛歲8歲），次年正月改元康熙。遺詔同時指派索尼、蘇克薩哈、遏必隆、鰲拜四大臣輔政。

康熙六年，首輔索尼病故，14歲的康熙帝正式親政，在太和殿受賀，大赦天下。但親政僅十天後，鰲拜即擅殺同為輔政大臣的蘇克薩哈，數天後與遏必隆一起進位一等公，實際政局並不受康熙帝直接掌控。

康熙八年，康熙帝突然下令侍衛在鰲拜進見時將其逮捕。大臣商議鰲拜大罪三十條，請求誅其族，康熙帝念鰲拜功勞，赦死罪而拘禁，但誅殺了鰲拜的很多弟侄親隨及黨羽，不久鰲拜死於禁所。僅存的另一輔政大臣遏必隆因為長期勾結鰲拜，被削去太師、一等公。康熙帝由此完全奪回朝廷大權，開始真正親政的階段。