回到二樓右側克蘭普博士的辦公室，發現了前田，有關這個事件的內幕越發明晰了起來，瑪婭（MAYA）和阿婭的是兩姐妹，她們在小時候曾經接受過來自日本的器官移植，捐獻者為出車禍的母女，而這對母女的丈夫和父親正是研究細胞生物學的專家，因此阿婭也具有PE能力，在EVE事件中覺醒，而當時主刀醫師就是克蘭普。克蘭普在研究線粒體的無性繁殖，而聯絡此前一天在弗朗西斯醫院的人工精子庫的相關調查，不難發現梅麗莎也曾經使用過這類器官，由於她經常使用藥物來抑制排斥反應，慢慢地身體抵抗能力變弱，覺醒的線粒體細胞逐漸控制了她的身體乃至意識，完全變成EVE，開始了向人類世界的報復……。

正在此時，絕望的克蘭普突然撲向阿婭，幸好丹尼爾及時趕到，將其制服。而克蘭普也遭到了報應，他的身體起火了！取得克蘭普的鑰匙，就能去博物館剩下所有此前未曾到過的地方。

【3層】左下的房間，BOSS二連戰：三角龍，HP2000，其EXP高達50000，為整個遊戲之最！三角龍以電擊和衝撞為主要攻擊手段，當頭部被打掉後，行動突然加速，橫衝直撞，小心應付，同時要注意留一部分藥物對付下一個BOSS。

【1層】BOSS二連戰：霸王龍，HP2500。當打完三角龍後，沒有機會去其他地方，就會被推下一樓，落在霸王龍所在的展廳。攻高防高的大塊頭，口吐火龍和尾巴橫掃是主要的攻擊方式。只是有些笨，同樣要遠離正面，慢慢耗即可。打完回到三樓，最左下角房間會有隱藏房間，裡面有一週目最強武器——M9改2［注：美版的M9改2比日版要多2點攻擊（53+2），相對的M8000也多4點攻擊（57）］，如果此前工具不是浪費了太多的話，現在是到了用武之地了，多餘的BP值愛用哪裡用哪裡，因為隨後就是更為緊張的BOSS連戰。

【4層】終於又遇到了EVE，此時的她肚子高高隆起，誰都不知道她所孕育的會是怎樣的一個胎兒。就當阿婭把槍對準EVE的時候，紐約城的地下蠢蠢欲動，無數令人恐怖的黏液從下水道沖天而起，在空中交織成一個巨大的人形黏液怪，把EVE帶走了。

美國海軍的武裝直升機緊急出動，迅速從四面八方包圍了這個巨大的怪物，但是發射的導彈去完全穿不透怪物的保護罩，相反，直升機卻被它輕鬆擊落。阿婭不顧勸阻，親自駕機帶領又一個進攻分隊起飛，在還未靠近的情況下，其他直升機紛紛爆炸墜毀。孤軍奮戰的阿婭在極近的距離攻擊成功，終於擊倒了怪物。爆炸產生的巨大沖擊力，推倒了自由女神像……（CG）

【自由島】就在眾人擊節相慶的時候，阿婭發現怪物倒下的地方，EVE仍然存在！

BOOS二連戰：第四形態EVE，HP2000+1650+2400，分為頭、身、尾三個目標，攻擊方式多樣，先打尾部，不要靠太近，否則被抓住可是非常痛苦的事。關鍵是把握各部分的攻擊方式和規律，使自己的躲避和攻擊都有高效率，循序漸進從下到上消滅目標。

BOSS二連戰：第五形態EVE，HP2300。處理完第四形態的EVE，相信這裡應該能相對輕鬆地過關了，注意她在空中時候是無法瞄準的，當然也不需要靠得很近才瞄準，因為BOSS移動非常快，同時別忘了及時解除不良狀態，消滅EVE只是時間問題。

EVE的臉在扭曲，身體在融化，她終於被消滅，這漫長而艱難的一天，也過去了……

DAY6·Revolution|進化

EVE被消滅，海軍正在進行清理工作，大家紛紛向阿婭表示祝賀，眾人走向甲板……空氣中充滿著怪異的氣氛，EVE的那個胎兒在此時降生了！這個怪嬰擁有著邪惡而強大的力量，它周圍的艦船、飛機紛紛爆炸，海軍立即組織所有人員撤離。但阿婭決定留下來，她明白，只有她才可以對付這個完全體。前田似乎要給阿婭什麼東西，但被心急的丹尼爾拎走了，阿婭整理裝備，面對最後的挑戰……

【準備室】在這裡可以同NPC對話，選擇命名的武器和防具，可以帶到二週目，同時可以得到一部分補充藥品，以及存取所有必要的道具，做最後的存檔。

【甲板】最終BOSS四連戰

完全體1：HP1300，嬰兒狀態，沒什麼威脅，注意及時躲避其大範圍攻擊即可，輕鬆擊破，然後第一次變身。

完全體2：HP1200+1800，前半部分打完後，完全體2會分身，一個為空中的翅膀，及一個趴在地上的嬰兒。觀察BOSS的攻擊方式，保持對地上目標的一定距離（靠得太近會被撲到），利用鐳射攻擊的間隔狠狠地打就是了（只需打地上一個目標即可），注意空中部分的襲擊，取勝後BOSS第二次變身。

完全體3：HP4300，這是最強狀態，行動十分迅速，而且造成的傷害不菲。如果躲不過就拼藥，當然，也可以一次耗盡滿格PE來一個華麗的Liberate（LV33習得，打到這個份上，一般不會低於35級），然後就輕鬆多了。擊敗完全體3，再一次變身。

完全體4：HP8000。此時阿婭的攻擊只能造成1的傷害，遠在直升飛機上的前田才說剛才要給阿婭的是注入了她細胞的彈夾，丹尼爾一把抓過，奮不顧身地跳出機艙，在下落的過程中準確的把彈夾擲給了阿婭……綠色的巨大怪物在甲板上掙扎，但它居然沒有死！

最後的時刻，不是打，而是逃。進入艙門，會提示戰艦示意圖，此時千萬不要試著去存檔，否則就準備再去打一次最終BOSS吧……一定要一路前進。不管阿婭跑得多快，切換場景後怪物總跟在後面，當然也不需要驚慌，在有分叉的走廊左拐，經過動力室的時候記住開啟自爆裝置，此時怪物已經追了下來，不過不需要理會，繞過它，跑到下方的樓梯處，然後一條路奔到底就可以了。

阿婭浮在海面上，看著火光熊熊的殘骸，這一切終於結束了。

前田向阿婭解釋著她的過去，原來阿婭在七歲的時候，右眼還曾接受過瑪婭的眼角膜移植，這意味阿婭經常出現幻象，其實是瑪婭最後的記憶，但這並無科學證明。當這部分線粒體進入阿婭體內的時候，也許經歷著和EVE不同的進化過程……而與阿婭共生的線粒體，依然具有EVE的能力。線粒體之於人類如同人類之於這個生存的環境，其目的就是為了將自己的基因遺傳下去……

［結尾］大家又回到修復後的劇場，觀賞同一幕演出。阿婭的眼睛又感受到了異樣的變化，劇場裡其他觀眾的眼睛也開始變紅了……

STAFF名單過後，耐心等待存檔畫面，接下去可以進入二週目，將會增加一座77層的克萊斯勒大廈，真正的結局等著你去完成。