彈道導彈難以攔截的最主要的原因是其超高的飛行速度！其次是目前先進的彈道導彈還具有攜帶分導多彈頭能力以及彈頭具有末端機動能力，為攔截增加了更高的難度。

常規導彈的飛行速度相對較慢，如大名鼎鼎的美國“戰斧”巡航導彈，其飛行速度只有0。9馬赫左右（0。9倍的因素），基本上與民航客機的飛行速度差不多。雖然常規導彈的飛行軌跡不好預測，但是由於速度較慢，雷達探測、追蹤以及攔截導彈的響應時間比較充足等，攔截難度並不多大。但是也有一些具有速度比較快的常規導彈，如超音速反艦導彈，末端速度可以達到2-3馬赫，且可以採用掠海飛行的方式，攔截難度也很大！彈道導彈也可以執行反艦任務！

彈道導彈一般採用“拋物線式彈道”的飛行軌跡，理論上來講彈道軌跡比較好預測，但是，除了上升段速度較慢外，在中段、末端的飛行均處於高超音速模式（可達10-20馬赫），射程10000公里的洲際彈道導彈從起飛到擊中目標只需20分鐘。如此高的速度，即使能夠探測到其軌跡並準確判斷出其飛行位置，也很難能夠集中目標。此外，當今先進的彈道導彈的飛行也不僅僅是“拋物線式”彈道，中段、末端都可以機動飛行，而且還可以攜帶多枚可自主導航的分彈頭，攔截難度大大增加！

攔截一般巡航導彈，行動式防空導彈甚至高射炮就可以完成；攔截高速反艦導彈需要高速反導導彈以及超高射速的近防炮；而攔截彈道導彈就必須有遠端探測雷達和高空高速攔截導彈！由此，也可以看出彈道導彈攔截的難度及投入成本是多麼高了！