南京教案發生後，雖未波及韶州、南雄、南昌等地的傳教士，但他們的活動受到限制，其中一批傳教士被迫轉入地下，隱藏在中國教徒家中，如北京的龍華民和畢方濟，隱居在徐光啟家中，杭州西子湖畔的楊廷筠住宅裡，也躲藏著郭居靜、艾儒略、金尼閣等人...